تأسست جامعة أهل البيت عليهم السلام بثلاث كليات وهي القانون والشريعة الإسلامية (والتي تم تغيير اسمها إلى العلوم الإسلامية) والآداب وفي العام الدراسي 2016-2017 تم استحداث كلية الصيدلة وفي العام 2017-2018 تم استحداث كلية طب الأسنان وكلية التقنيات الطبية والصحية / قسم تقنيات التحليلات المرضية

كلية الآداب

كلية العلوم الإسلامية

كلية القانون

كلية التقنيات الطبية والصحية

كلية الصيدلة

كلية طب الأسنان