توصل الباحثون المؤتمرون من خلال بحوثهم المشاركة في المؤتمر إلى جملة من التوصيات وبحسب محاور المؤتمر.

أولاً: محور فلسفة التعليم الجامعي الأهلي:

1. ضماناً لنهج موائمة منهج التعليم الجامعي الأهلي والحكومي  وفي إطار تفعيل دورهما المشترك في تنمية المصالح والقيم الوطنية والأهداف العليا وتأهيل جيل من الكوادر العلمية المؤمنة بهويتها الحضارية والتاريخية وقضاياها الوطنية. يوصي المؤتمرون إستمرار إشراف الدولة على العملية التعليمية في الجامعات والكليات الأهلية وإناطة هذا الدور بوزارة التعليم العالي والبحث العلمي.
2. تجسيداً لفلسفة العلم للجميع والثقافة للجميع ولمختلف الأعمار، تلك الفلسفة التي تبلورت في الحديث النبوي الشريف               ((طلب العلم فريضة على كل مسلم ومسلمة)) وكذلك ((أطلبوا العلم من المهد إلى اللحد)) ولضمان توفير فرص التعليم لمن فاتـته سابقاً بسبب سياسات النظام البائد أو أرهقته تكاليف المعيشة. يوصي المؤتمرون الوزارة بإشاعة الدراسات المسائية والتخفيف من وطأة قيود إستحداث الدراسات المسائية وإلغاء شرط مرور أربع سنوات على الاستحداث وتخريج دفعة أولى من أجل الموافقة على استحداث الدراسة المسائية.
3. ضماناً لنهج التكامل الإيجابي بين الجامعات والكليات الحكومية والأهلية يوصي المؤتمرون الوزارة برعاية مبدأ التنسيق بين هذه المؤسسات التعليمية عند إقرار سياسة استحداث الأقسام العلمية والابتعاد بها عن مبدأ التنافس السلبي بينهما.
4. تجسيداً لمبدأ مواكبة الجامعات والكليات الأهلية للتطور العلمي والبحثي الجاري في الجامعات والكليات العالمية الرصينة يوصي المؤتمرون الوزارة بأعداد الدراسات اللازمة بخصوص إنتهاج وسائل وتقنيات وأطر تعليمية متطورة كالجامعة التعليمية  الألكترونية والتوئمة بين الجامعات والدراسة عن بعد وتقييم إمكانية قيام الجامعات والكليات الأهلية في هذا المجال ولو على صعيد تجريبي.
5. تجسيداً لدور العلم والبحث العلمي في تنمية وتطوير المجتمعات الحضارية يوصي المؤتمرون توسعة الإنفاق الحكومي والأهلي في العراق على الجامعات والكليات ومراكز البحوث المرتبطة بها وتخصيص نسبة مناسبة لها من الناتج المحلي الإجمالي او الناتج القومي الإجمالي العراقي لمواجهة عملية إشاعة التعليم والارتقاء بمتطلباته ودوره في العملية التنموية.

ثانياً: محور سياسات القبول في التعليم الجامعي الأهلي :

1. ضماناً لاستقطاب الطلبة الخريجين من مرحلة الدراسة الإعدادية الأكاديمية  والمهنية يوصي المؤتمرون تنويع مسارات القبول في الكليات والجامعات الأهلية بما يضمن قبول خريجي الدراسات المهنية في الاختصاصات الراغبين بها بعد إكمال عوزهم لبعض المقررات الدراسية.
2. ضماناً لاستقطاب الطلبة الخريجين في مرحلة الدراسة الإعدادية  بمختلف فروعها وعلاجاً لارتفاع نسبة الفقد لهؤلاء الخريجين يوصي المؤتمرون إعادة النظر من قبل الوزارة بالشروط لخاصة بقبول الطلبة والاتجاه بها نحو تخفيف  قيد العمر أو إلغائه والتوسع في قبول خريجي الأعوام السابقة.
3. ضماناً لتوفير مدخلات العملية التعليمية الجامعية من الطلبة الخريجين الأكفاء يوصي المؤتمرون الوزارة بالتنسيق مع وزارة التربية لتحديث المناهج والخطط الدراسية في المرحلة الإعدادية وعلى الأخص الدراسة المهنية.
4. ضماناً لمعالجة فشل الاختيار التخصصي لدى بعض الشباب المتعلم يوصي المؤتمرون الوزارة بالموافقة على إجازة تغيير المسار للطالب الذي يثبت فشله فيه والتحول إلى مسار أخر مقابل تحمله تكلفة تغير السار أسوة ببعض الدول التي حرصت على عدم هدر مواردها البشرية المتعلمة.
5. تجسيداً للحديث الشريف ((خير العلوم التفقه بالدين)) ولخلق جيل مؤمن بعقيدته وهويته الإيمانية الإسلامية يوصي المؤتمرون جعل القبول في كليات الشريعة الإسلامية في الجامعات والكليات الأهلية مفتوحاً أمام الجميع بغض النظر عن خلفيته الدراسية في مرحلة الدراسة ا لإعدادية |أو ما يعادلها.

ثالثاً: محور الجوانب القانونية ولإدارية :

1. تجسيداً لتلبية حاجات العراق الجديد وتماشياً مع المباديء والقيم الدستورية الجديدة والتغيرات الهيكلية الطارئة على المجتمع العراقي يوصي المؤتمرون الوزارة باقتراح  إستحداث  تشريع جديد للتعليم الجامعي الأهلي في العراق من الجهات التشريعية ليكون بديلاً عن القانون النافذ رقم 13 لسنة 1996 المعدل. أو على الأقل قيام الوزارة باتخاذ الإجراءات اللازمة لإدخال تعديلات على القانون النافذ وذلك باقتراح حذف أو إضافة أو تغير بعض النصوص ومنها.

• نص م4 بإضافة تحديد تاريخ بدء تمتع الجامعة أو الكلية الأهلية بالشخصية المعنوية إلى نهاية نص المادة حسماً للمشاكل والمنازعات التي قد يثيرها عموم النص.
• نص م5/ق1 م6 تتغير جهة الإجازة والموافقة من مجلس الوزراء إلى جهة مجلس وزارة التعليم العالي والبحث العلمي تجاوزاً  لتأخر النظر في طلبات التأسيس وللتعقيدات والروتين الإداري وتأكيداً على اختصاص وصلة  الوزارة بقضايا التأسيس.
•   تعديل نص م5/ق1 باتجاه توسع الجهات التي يحق لها التأسيس بإضافة منظمات المجتمع المدني العراقية شريطة توافر الشروط المنصوص عليها في ق 2/م5 مع في هذه المنظمات.
• تعديل نص ق 3/م5 باتجاه السماح لزيادة عدد الأشخاص الذين يحق لهم طلب تأسيس الجامعات والكليات الأهلية ليشمل إضافة إلى التسعة أشخاص من حملة الشهادات العليا والألقاب العلمية بعضاً من حملة شهادة البكالوريوس ممن يتمتعون بملأه مالية وذلك تعزيزاً للموارد المالية للجامعات والكليات الأهلية ولإتاحة الفرص لاستثمار رؤوس الأموال الوطنية في مجال تنمية الموارد البشرية.

هـ - تعديل البند ثانياً من ق2وق4/م6 باتجاه جعل حق الاعتراض لطالبي التأسيس لدى مجلس الوزارة بدلاً من مجلس الوزراء وضمن المدد المشار إليها في المادة أو أمام القضاء العراقي المختص بحسم المنازعات كافة حسب صلاحيته العامة.

و- إضافة فقرة جديدة للمادة ثامناً تذهب باتجاه التأكيد على حق الجامعات والكليات الأهلية بأستحداث أقسام الدراسات العليا في حالة توفر شروط الاستحداث وذلك تفعيلاً لدورها في رفد القطر بأصحاب الشهادات العليا بعد أن تنهي دورة كاملة.

ز- تعديل فقرة 2/م24 باتجاه التأكيد على مبدأ المساواة بين أعضاء الهيئة التدريسية  في الجامعات والكليات الأهلية وبين أقرانهم في الجامعات والكليات الحكومية وذلك من خلال شمولهم بذات الإمتيازات المادية والمعنوية الممنوحة لأعضاء الهيئة التدريسية في الجامعات والكليات الحكومية.

ح- تعديل الفقرة 4/م 26 باتجاه إجازة الجامعات والكليات الأهلية  باستثمار جزء من إيراداتها المالية في النشاطات غير العلمية الى جانب النشاطات العلمية ضماناً لتوفير موارد مالية إضافية تعين الجامعات والكليات الأهلية على تحمل ارتفاع الكلف الإجتماعية والمالية.

ط- إضافة فقرات جديدة للمادة 26 تضمن تأكيد تفعيل دور الوزارة في الارتقاء بالجامعات والكليات الأهلية بوصفها مؤسسات ذات نفع عام وذلك بالتأكيد على واجب الوزارة في تقديم قروض ميسرة طويلة أو تقديم هبات ومنح نقدية أو عينية للكليات والجامعات الأهلية التي تثبت جدارتها وحسن تطبيقها للتعليمات النافذة وفقاً لمعايير أداء عالية (ISO). وباتجاه حق الوزارة في فرض غرامات مالية على الكليات والجامعات الأهلية المخالفة للتعليمات.

ي- تعديل نص  م 31 وجعلها تقوم الوزارة وبالتنسيق مع وزارة التخطيط والتعاون الإنمائي بتحديد حاجة القطر الى الجامعات والكليات الأهلية وإختصاصاتها سنوياً وذلك ضماناً للتخطيط السليم للعملية التعليمية وأبعادها عن ظاهرة العشوائية في إستحداث الجامعات والكليات الأهلية.

2- تجسيداً لضرورة الارتقاء بالمستوى العلمي للجامعات والكليات الأهلية وترصينها يوصي المؤتمرون الوزارة بــــ :

                        أ- تولي المسؤولية المباشرة في تعيين السادة عمداء الكليات الأهلية ورؤساء الجامعات الأهلية وبناءاً على توصية من الجهة المؤسسة .

                        ب- تسهيل مهمة إعارة خدمات أعضاء الهيئة التدريسية فيما بين الجامعات والكليات الحكومية  وبين الجامعات والكليات الأهلية وخاصة في حالة تلبية طلبها لذوي الاختصاصات النادرة.

                        ج- رعاية الكوادر العلمية من أعضاء الهيئة التدريسية في الكليات والجامعات الأهلية وشمولهم ببرامج البعثات والزمالات الدراسية المقررة للوزارة أسوة بأقرانهم في الجامعات الحكومية.

                        د- تحديد معايـير إعتماد ورقابة عامة وخاصة لإجازة الكليات والجامعات الأهلية وتقييم أداءها السنوي.

                        هـ- شمول الكليات والجامعات الأهلية ببرامج الدول المانحة ولاسيما  في مجال توزيع المنح والمساعدات العلمية كالأجهزة العلمية والمختبرات التعليمية.

3- لضمان الاستقرار الوظيفي للعاملين في الجامعات والكليات الأهلية يوصي المؤتمرون بوضع لائحة حقوق وواجبات  أساسية لهم تمثل الحد الأدنى للأمتيازات والحقوق والواجبات  القانونية التي يتم التعاقد عليها وجعل الباب مفتوحاً لما يزيد أو يخفف من  ذلك.

4- تفعيلاً للشخصية المعنوية للجامعة والكلية الأهلية يوصي المؤتمرون بفسح المجال لها لإقامة علاقات ثقافية وتعاون ثقافي وعلمي مع الجامعات والكليات العالمية الرصينة أسوة بالجامعات والكليات الحكومية.

5- دعماً للصروح العلمية يوصي المؤتمرون الوزارة بتقديم التسهيلات القانونية اللازمة لإعانة الجامعات والكليات الأهلية للحصول على قطعة أرض مناسبة من البلديات وللحصول على التسهيلات الائتمانية من المؤسسات المالية والمصارف لتشييد أبنية جامعية عصرية تتوفر فيها معايـير الوظائـف التعليمية.